Toda a análise genética assenta na metodologia de cruzamentos utilizada, que dá um conhecimento razoável da homogeneidade da F1, e na qualidade das condições ambientais, tendo em vista a expressão óptima de todos os fenótipos. Quando por alguma razão os requisitos ideais não são atingidos, ocorrem situações que podem "atrapalhar" a determinação do tipo de hereditariedade.
Antes de iniciar-se uma experiência genética tem de assegurar-se que os progenitores da F1 são linhas puras, o que se consegue por repetição sistemática dos cruzamentos consanguíneos, de preferência por selfing (cf. "consanguinidade"). Senão, haverá diferentes classes logo na F1, o que mesmo no caso mais simples de um locus chega a ter resultados complicados, por exemplo quando está envolvida uma série alélica:
Exemplo
| Progenitores (fenótipos) | F1 (fenótipos e frequências) | Hipótese genotípica (progenitores) |
|---|---|---|
| A × B | A (¼), B (¼), C (¼), D (¼) | L1L2 × L1L3 |
| A × E | B (¼), D (¼), F (¼), G (¼) | L1L2 × L3L4 |
Alternativamente, a população híbrida pode ser homogénea geneticamente mas apresentar dois fenótipos (em proporções geralmente susceptíveis às condições ambientais) devido à penetrância incompleta de algum dos genes no híbrido.
A letalidade ou semi-letalidade de certos genótipos, homozigóticos ou heterozigóticos, ocasiona uma distorção em relação às previsões da 1ª lei de Mendel que não pode ser atribuível à mutação. As diversas formas de letalidade podem exercer-se numa fase pré-zigótica (exclusão preferencial de micrósporos ou megásporos com certo genótipo, letalidade de certos gametófitos, mecanismos de auto-incompatibilidade) ou pós-zigótica (letalidade em qualquer fase do desenvolvimento do esporófito, mas especialmente a letalidade embrionária, por passar mais facilmente despercebida).
Resulta da existência de grupos de ligação, um por cada cromossoma; só os loci de cromossomas não-homólogos obedecem à 2ª lei de Mendel, enquanto os do mesmo cromossoma apresentam desvios indicativos do arranjo dos respectivos alelos em haplótipos preferenciais (cf. "grupos de ligação").
Exemplo
P (linhas puras) | A × B | |||
F1 | Z | |||
F2 (F1 × F1) | Z | A | B | Y |
(N = 237) | 119 | 59 | 58 | 1 |
pred. 2ª lei | 133,31 | 44,44 | 44,44 | 14,81 |
χ23 = 23,32, P < 0,001 | ||||
Os desvios em relação à 2ª lei favorecem exactamente as classes A e B, iguais fenotipicamente aos progenitores da F1. Esta situação é tão frequente, e tão importante para a Genética, que requer um tratamento àparte (cf. "grupos de ligação").